Au trecut doi ani de la bătălia finală cu Sephiroth. Deși Midgar, orașul mako, orașul prosperității, a fost redus la ruine, locuitorii săi parcurg încet, dar sigur, drumul spre reconstrucție. Cu toate acestea, o boală misterioasă numită Geostigma îi chinuie. Fără niciun leac la orizont, boala îi ucide pe cei afectați, unul după altul, răpind oamenilor speranța lor abia înmugurită.